Có nhiều giả thuyết liên quan đến gốc rễ của việc thực hành cắt bao quy đầu. Các học giả phương Tây thời kỳ đầu cho rằng tục cắt bao quy đầu có từ thời Ai Cập cổ đại. Ngày nay nhiều học giả tin rằng nguồn gốc xa hơn, bắt nguồn từ các cư dân miền Nam Ả Rập và một phần của người châu Phi. 

Ở mỗi vùng khác nhau lại thực hiện nghi thức khác nhau. Một số vùng của châu Phi, châu Đại Dương, Do Thái giáo và Hồi giáo, hình thức quen thuộc nhất là cắt hoàn toàn bao quy đầu. Ở Ai Cập cổ đại và một vài nền văn hóa khác, chỉ một phần bao quy đầu bị cắt bỏ. Thời xưa, cắt bao quy đầu có nhiều ý nghĩa biểu trưng.

Cắt bao quy đầu ở Ai Cập và Israel cổ đại

Ở Ai Cập, hình thức này thường được thực hiện trên người đàn ông vị thành niên sắp bắt đầu nhận chức thầy tu (thầy tế), hoặc người đàn ông trưởng thành thuộc tầng lớp quý tộc.

Đây được coi là nghi thức để phân biệt tầng lớp xã hội, được vẽ mô tả trên các bức tường của những ngôi đền, nơi người đàn ông ở để linh mục thực hiện cắt bao quy đầu bằng dao.

Ở Israel, người đàn ông phải cắt bao quy đầu mới thực sự được công nhận là thành viên trong cộng đồng dân tộc. Tám ngày sau khi trẻ sơ sinh chào đời, nghi thức này được thực hiện.

Người trưởng thành chỉ cắt bao quy đầu nếu không phải là người Israel và muốn được gia nhập vào cộng đồng người Israel. Sau này, khi tôn giáo Israel trở thành Do Thái giáo cổ đại, rồi Do Thái giáo, mọi nam giới bắt buộc phải tiến hành cắt bao quy đầu. Những giáo khác không bắt buộc làm điều này.

Ý nghĩa công nhận thành viên dân tộc của người Israel được cho là có ảnh hưởng đáng kể đến nghi thức cắt bao quy đầu cho nhiều tôn giáo khác về sau. Điển hình là những người đàn ông trẻ tuổi của các dân tộc Xhosa và Zulu, nghi thức cắt bao quy đầu của họ phức tạp hơn.

Cơ thể người đàn ông Xhosa và Zulu được vẽ bằng sơn trắng trước khi cắt. Trong quá trình này, họ cách ly khỏi cộng đồng trong vài tuần, đặc biệt là cách ly phụ nữ. Sau khi cắt, họ bỏ bao quy đầu bị cắt trong rừng như một biểu tượng thời niên thiếu để lại phía sau, để trở thành đàn ông, rồi rửa sạch vết sơn trắng cơ thể trên sông.

Cắt bao quy đầu ở châu Đại Dương

Cắt bao quy đầu trong lịch sử không chỉ giới hạn ở châu Phi và Trung Đông. Những người châu Đại Dương và thổ dân Australia cũng có tục này. Họ sử dụng vỏ sò làm công cụ cắt. Đây vừa là nghi thức của nam giới khi vị thành niên, vừa để thử lòng dũng cảm.

Trong thời chiến, cắt bao quy đầu là hình thức trừng phạt tù binh. Người lính bị bắt trong trận chiến sẽ bị cắt bao quy đầu, đặc biệt là ở Trung Đông, Đông Phi và Nam Á.

Cắt bao quy đầu đã từng là một phong tục hiếm hoi, hầu hết nền văn hóa ngoài châu Phi, Trung Đông và châu Đại Dương ban đầu không áp dụng. Trải qua hàng thiên niên kỷ, tục này dần trở thành nghi thức tôn giáo của nam giới, về sau giới hạn ở độ tuổi vị thành niên. 

Ngày nay, ước tính một phần ba nam giới trên thế giới được cắt bao quy đầu, phổ biến ở người Hồi giáo và Do Thái, vì lý do tôn giáo. Nó cũng phổ biến ở Mỹ, được thực hiện để phòng ngừa các vấn đề sức khỏe. Nhiều tổ chức y tế lớn trên thế giới không đồng ý tục này bởi có thể có những rủi ro, vi phạm nhân quyền...