Các bức tranh hay bản vẽ trong hang động được phát hiện ở thị trấn Combarelles, Pháp, mô tả một người đàn ông đeo thiết bị giống như bao cao su khi quan hệ tình dục. Đây được cho là chiếc bao cao su đầu tiên trên thế giới, chứng tỏ từ nghìn xưa con người đã biết cách phòng tránh thai.
Tiếp đó, các nhà nghiên cứu ghi nhận vua Minos ở đảo Crete đã sử dụng bao cao su khoảng 3.000 năm trước Công nguyên. Thời ấy người ta sử dụng những chiếc bao từ vải lanh được ngâm trong hóa chất, sấy khô...
Đến thời La Mã cổ đại, con người càng quan tâm hơn đến sức khỏe cộng đồng do nhiều bệnh tật lan rộng. Họ sử dụng bao cao su làm từ ruột động vật (dê, cừu) hoặc bằng vải lanh để phòng ngừa các bệnh tình dục như giang mai...
Từ thế kỷ 14, tầng lớp thượng lưu sử dụng "bao cao su glans", là loại chỉ che đầu dương vật. Người Trung Quốc dùng nguyên liệu từ giấy lụa có dầu hoặc ruột cừu, trong khi người Nhật chọn những vật liệu cứng hơn như mai rùa hoặc sừng động vật.
Bao cao su đã bắt đầu được bán rộng rãi vào cuối thế kỷ 18, giá thành cao. Năm 1855, nhà phát minh người Mỹ Charles Goodyear đã thành công tạo ra bao cao su làm bằng cao su tự nhiên. Ông nung nóng lưu huỳnh và cao su tự nhiên để tạo thành một vật liệu dễ uốn có độ đàn hồi và độ bền cao.
Theo Charles Goodyear, chiếc bao cao su này khá dày như độ dày của săm xe đạp, an toàn vì ít có khả năng bị vỡ. Đặc biệt, sau khi sử dụng có thể rửa và tái sử dụng cho đến khi bao bị hỏng.
Mang lại nhiều lợi ích, song với người xưa sử dụng bao cao su là một điều không bình thường. Họ cho rằng chỉ có nam giới không chung thủy, không muốn sinh con mới sử dụng đến bao. Ban đầu, dụng cụ này chỉ phổ biến ở giới thượng lưu và phải dùng đi dùng lại nhiều lần.
Năm 1873, Luật Cornstock cấm việc bán bao cao su qua đường bưu điện đồng thời ngăn chặn quảng cáo công khai về các biện pháp tránh thai.
Thời kỳ thế chiến thứ nhất, người Đức sử dụng bao cao su để ngăn ngừa bệnh tình dục. Quân đội Mỹ và Anh không sử dụng bao cao su, hơn hàng trăm nghìn binh sĩ mắc bệnh giang mai và lậu.
Năm 1918, lệnh cấm quảng cáo bao cao su được dỡ bỏ. Bao cao su được phép quảng cáo và bán một cách hợp pháp như là phương pháp ngăn chặn sự lây lan của bệnh tật. Tuy nhiên, không được phép quảng cáo hoặc bán cho mục đích kiểm soát sinh sản.
Những năm 1920, nhà khoa học Frederick Killian phát minh latex hay mủ cao su. Đây là nguyên liệu lý tưởng để sản xuất bao cao su vì nó mỏng hơn cao su, không bị lão hóa nhanh và tương đối không mùi.
Bao cao su latex giá thành rẻ và sản xuất nhanh mỗi giờ, được bôi trơn bằng chất diệt tinh trùng và thậm chí có hương. Khảo sát năm 1965, khoảng 42% người trưởng thành sử dụng bao cao su khi quan hệ và 60% cặp vợ chồng dùng bao cao su để tránh thai.
Những năm 1980, đại dịch HIV/AIDS bùng phát, bao cao su được cho là giải pháp quan trọng để chăm sóc và bảo vệ sức khỏe khi quan hệ tình dục. Các nhà khoa học tiếp tục phát minh nhiều loại bao cao su như chất liệu, mùi vị, độ dày, kích cỡ... đáp ứng nhu cầu của đàn ông.
Năm 2014, chiếc bao cao su mỏng nhất thế giới được làm từ polyurethane ra đời với độ dày 0,01 mm, mỏng hơn 6 lần so với tóc người. Loại bao này chỉ bán ở Tokyo, Nhật. Hiện, các nhà nghiên cứu tiếp tục nghiên cứu cải tiến bao cao su với độ dày 0,009 mm và mỏng 0,008 mm.
Đến năm 2015, khoảng 18 tỷ chiếc bao cao su được sử dụng trên toàn thế giới.